国内合作委员会办公室是在北京大学国内合作委员会领导下，统筹协调全校各单位开展国内合作事务，承担对口支援西部地区高校工作和国家定点扶贫政治任务的部门。国内合作办下设对外合作办公室与对口支援办公室。
其中，对外合作办公室主要负责为学校与中央和地方各级政府、军队、企事业单位开展高层互访、合作洽谈提供协调和保障；推动以学校名义签订校地战略合作协议或专项协议，并积极有效落实；承担学校领导安排部署的其他校地合作事务，助力国家经济社会发展和学校长远发展。
对口支援办公室主要负责对口支援新疆石河子大学和西藏大学的具体工作，承担对口支援两所高校团队秘书处工作职责；定点帮扶云南省大理白族自治州弥渡县，助力贫困地区脱贫摘帽；承担上级单位安排部署的其他帮扶、支援工作，有效落实中央支持民族地区、贫困地区发展的政策。
