国内合作委员会办公室是在北京大学国内合作委员会领导下，统筹协调全校各单位开展国内合作事务，承担对口支援西部地区高校工作和国家定点扶贫政治任务的部门。国内合作办下设对外合作办公室与对口支援办公室，职责定位如下：
（一）对外合作
1. 贯彻落实学校国内合作委员会有关决议；
2. 负责校地校企等校级重要合作事宜的沟通联络、 协议起草落实；
3. 负责异地科研机构的设立和关闭，对接地方政府部门，沟通洽谈异地科研机构建设协议，为机构发展争取政策扶持、资金保障等各类资源支持；
4. 负责规范二级单位层面对外合作活动，审批二级合作协议；
5. 负责保障学校领导与校外单位高层互访、国内出访接待活动等。
（二）定点帮扶
负责定点帮扶云南省大理白族自治州弥渡
（三）对口支援
1. 负责对口支援新疆石河子大学、 西藏大学2所高校，承担对口支援两所高校团队秘书处工作职责；
2. 支持建设山西大学、云南大学、 南昌大学3所部省合建高校；
3. 负责学校签暑协议支持其他大学相关工作。
